Brief seiner Mutter, Maria von Bayern, an ihn am 19. Oktober 1590, als er in Ingolstadt studierte: "... du wolltest fromm, gottesfürchtig und in deinem Studieren fleißig seyn, ... und wollest deinem Hofmeister und deinem Präceptor gehorsam sein, insonderheit meinem Herrn Bruder [dem Herzog Wilhelm V. von Bayern], der jetzt dein Vater ist [Ferdinands Vater, Erzherzog Karl II. von Innerösterreich, war im Jahr 1590 gestorben], in allem, was sie dir sagen ... Wärest du dieses nicht, so gedenke, wie hoch du mich damit betrüben, eine Ursache meines Todes seyn würdest, was du gegen Gott nimmermehr verantworten könntest ... Wenn du mir folgest, so sollst du eine treue Mutter an mir haben; wo nicht, so wirst du noch inne werden mit deinem Schaden, was ich thun will. Ich versehe mich aber zu dir, du werdest es nicht zu solchem kommen lassen; denn du würdest deinen frommen Herrn Vater unter der Erde beleidigen, wenn du mich betrübtest ... Schreib auch dem Doctor Schranzen [dem Hofkanzler in Graz] einen lateinischen Brief, damit ich sehe, was du kannst, aus deinem Kopf, und daß der Präceptor nichts daran mache, sondern allein du." (in: Friedrich von Hurter: Maria, Erzherzogin zu Oesterreich, Herzogin von Bayern, Schaffhausen 1860, S. 78-79)
"Des Kaisers Lebensgewohnheiten hat der Nuntius Caraffa ausführlich geschildert: 'Der Kaiser zählt jetzt 51 Jahre. Er ist mittlerer Größe, kräftigen Wesens, ins Rötliche spielender Hautfarbe, leicht zugänglich, wohlwollend gegen jedermann. Gewöhnlich trinkt und schläft er sehr wenig. Abends 10 Uhr legt er nach deutscher Gewohnheit sich nieder, um vier Uhr früh, oft noch früher, ist er schon wieder auf den Beinen ... Jeden Tag pflegen S.M. [Seine Majestät], nachdem Sie sich erhoben haben, in der Kapelle zwei Messen zu hören, eine für die Seele Ihrer ersten Gemahlin, die, obwohl wankender Gesundheit, vom Kaiser zärtlich geliebt wurde. Ist's ein Festtag, so empfängt der Kaiser danach die heilige Kommunion, zu welchem Zweck er sich in die Kirche begibt und dort eine deutsche Predigt anhört. Gewöhnlich wird sie von einem Jesuiten gehalten und dauert eine Stunde. Nach der Predigt wohnt er dem Hochamte bei, was bei ausgesuchter Musik gewöhnlich anderthalb Stunden erfordert ... An solchen Tagen, die nicht Festtage sind, bringt der Kaiser, nachdem er zwei Messen gehört (wovon er niemals abgeht) den Rest des Vormittags, häufig auch einen Teil des Nachmittags in der Ratsitzung zu. Wenn nicht, so geht er auf die Jagd, von der er ein großer Liebhaber ist. Insgeheim pflegt er den einen Tag Rat zu halten, den anderen der Jagd zu widmen, von der er häufiger erst nach Einbruch der Nacht als bei Tage zurückkehrt ...' Im Waidwerk übte sich Ferdinand ebenso exzessiv wie in der Frömmigkeit." (in: Johann Franzl: Ferdinand II. – Kaiser im Zwiespalt der Zeit. Graz, Wien und Köln 1989, S. 229-230)
Er blieb auch als Landesherr von Innerösterreich, also als Nachfolger seines Vaters, der "unterthänigste gehorsamste Sohn" seiner Mutter und holte sich für alle Angelegenheiten stets ihre Zustimmung.
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