Das "Problemkind" seiner Mutter Maria von Bayern, der Erzherzogin von Innerösterreich, da er trotz der reichlich erhaltenen Körperstrafen viele Jahre hindurch "trotzig und ungehorsam blieb" und das Lügen nicht aufgab. So schrieb sie ihrem ältesten Sohn Ferdinand II. am 20. Januar 1599 von Mailand aus: "... was doch sein [Maximilian Ernsts] Verbrechen ist, daß jedermann so sehr über ihn klagt und an ihm verzagt, ob gar keine Zeit helfen will, und welche Gestalt die ganze Sache mit ihm habe ..." (in: Friedrich von Hurter: Maria, Erzherzogin zu Oesterreich, Herzogin von Bayern, Schaffhausen 1860, S. 229). Am 8. Februar 1599 schrieb sie an Ferdinand II.: "... Gib dennoch auch Achtung, damit der Herr Andreas [der Lehrer von Maximilian Ernst: Andreas Bakes) die Strenge [an Maximilian Ernst] nicht übertreibe und den Maxen [Kosenamen für diesen Sohn] dadurch verbissener mache ... Den Maxen laß dir befohlen seyn, halt ihn in guter Sorge, damit er fleißig studire und etwas lerne. So lange er nicht wohl studirt und etwas lernt, daß er Land und Leuten vorstehen kann, darf er nicht daran denken, daß er von Grätz [= Graz] wegkomme; denn ich müßte mich schämen, daß Andere (z. B. sein Cousin Erzherzog Albrecht VII.) so viel können, und er nichts. Sag' ihm, daß er auch Unwahrheit sich abgewöhne, denn sonst würde er mich unter die Erde bringen, und daß er gehorsam sey." Und am 13. Februar 1599 lesen wir: "Es wäre mir jetzt wohl die größte Freude, wenn er [Maximilian Ernst] sich bekehrte und sich seine Untugenden abgewöhnte. Ich bitte dich [ihren Sohn Ferdinand II.], laß ihn dir befohlen seyn, strafe ihn mit brüderlicher Liebe; ich hoffe, er werde es annehmen. Drohe ihm nur mit mir." (in: Friedrich von Hurter: Maria, Erzherzogin zu Oesterreich, Herzogin von Bayern, ebenda, S. 241-242, 252)