Im Prinzip war Karl II. wie sein ältester Bruder, Kaiser Maximilian II., ein relativ toleranter Mann, bis er durch seine Gattin, Maria von Bayern, und deren ältesten Bruder, dem Herzog Wilhelm V. von Bayern, überzeugt wurde, dass die Protestanten und Calvinisten nicht nur den Katholizismus, sondern auch die Herrschaft der hohen Adeligen beseitigen wollten. So schrieb sein Schwager Wilhelm V. von Bayern ihm: "... unter dem Vorwand der Religion erlaubten sich die Unkatholischen alle Uebergriffe im Politischen." "Nicht mehr galt es, bloß dem Anstürmen gegen alles Katholische einen Damm zu setzen, die Rechte als Landesherr mußten gesichert werden." Durch diese Verknüpfung von Religion, dem Katholizismus, und Politik, der Angst der hohen Adligen, gestürzt zu werden, konnten sich die Jesuiten ans Werk machen, die hohen Adligen besonders im Süden Deutschlands als "Bundesgenossen" in ihrem Kampf gegen die "Unkatholischen" zu gewinnen. So ließ zum Beispiel Karl II. im Januar 1580 durch seinen Kanzler seinen Baronen und Rittern bereits Folgendes verkünden: "... ihre [der Lutheraner] Handelnsweise ziehe dahin, dem Fürsten Krone und Scepter zu entwinden. Weiter jedoch als bisher werde Ihre Durchlaucht [Karl II.] nicht zusehen: das Benehmen der Stände streife an offene Empörung; solche zu dämpfen, werde der Erzherzog noch Mittel finden." Und seinen protestantischen Untertanen erklärte er: "Unmöglich ... könne ihr Treiben für Religion, er müsse es für lautere Rebellion halten." (in: Friedrich von Hurter: Maria, Erzherzogin zu Oesterreich, Herzogin von Bayern, Schaffhausen 1860, S. 45-46). Wilhelm V. von Bayern trieb seit 1582 zudem seine Schwester Maria, die Gattin von Karl II., besonders an, dem Katholizismus im Erzherzogtum von Innerösterreich zum Sieg zu verhelfen. "Ein erfreulicheres Jahrgeschenk, schrieb er [Wilhelm V. von Bayern] ihr [Maria von Bayern, Erzherzogin von Innerösterreich] bald nach seiner Heimkunft [von Graz im Jahr 1582], könnte sie ihm nicht anbieten, als die Entlassung alles lutherischen Hofgesindes; für Ersatz werde er gerne sorgen. Weßhalb Bedenken tragen? bemerkte er. Die Landstände hätten kein Recht, desselben sich anzunehmen, und, fügte er scherzend bei, der Türke werde deßhalb auch nicht in das Land einfallen ... Diesen Rath an die Schwester wiederholte er öfters." (in: Friedrich von Hurter: Maria, Erzherzogin zu Oesterreich, Herzogin von Bayern, ebenda, S. 47)
Im Jahr 1578 war es im Erzherzogtum von Innerösterreich noch toleranter zugegangen: "Vor versammelten Ständen gab Erzherzog Karl in Gegenwart seiner Geheimen Räte das feierliche Versprechen ab, daß niemand mehr, auch die Bürger in den Städten nicht, in seinem Gewissen beschwert werden solle. Auch aus den privilegierten Städten Graz, Judenburg, Klagenfurt und Laibach sollten die lutherischen Prädikanten nicht vertrieben werden. Solch weitreichende Zugeständnisse ließen sich die protestantischen Stände einiges kosten. Mit dem Geld, das sie zusammenbrachten, entstand die Festung Karlstadt an der Kulpa, die Innerösterreich vor einem türkischen Angriff von Süden her schützen sollte." (in: Johann Franzl, Ferdinand II. - Kaiser im Zwiespalt der Zeit, ebenda, S. 15).